Sie wurden immer weiter zentralisiert und ihre Kompetenzen verringert. So entstand etwa die „Arbeitsgemeinschaft der Industrie- und Handelskammern der Bayerischen Ostmark“ für die bisherigen Kammerbezirke Coburg, Bayreuth, Regensburg und Passau.
Weitere Schritte folgten, bis schließlich 1942 die NS-Regierung die Neuorganisation mit der Einrichtung der „Gauwirtschaftskammern“ abschloss. Für die Wirtschaft in Niederbayern wurde die Gauwirtschaftskammer Bayreuth zuständig, die IHK in Passau war damit zu einer untergeordneten Behörde herabgestuft.